დეპოზიტების დაზღვევის სააგენტოს ზედამხედველობას უწევს სამეთვალყურეო საბჭო, რომელიც 5 წევრისგან შედგება. საბჭოს წევრები არიან: საქართველოს ფინანსთა მინისტრი - ლაშა ხუციშვილი, საქართველოს ეკონომიკის და მდგრადი განვითარების მინისტრი - ლევან დავითაშვილი, საქართველოს ეროვნული ბანკის პრეზიდენტის მოვალეობის შემსრულებელი - ნათელა თურნავა და კომერციული ბანკების მიერ არჩეული ორი დამოუკიდებელი წევრი - დავით რუსია და გიორგი ბაგრატიონი.

საბჭოს დამოუკიდებელ წევრებს კომერციული ბანკების წარმომადგენლები ხმათა უბრალო უმრავლესობით ფარული კენჭიყრით ირჩევენ, აღნიშნულ პროცესს ორგანიზებას საქართველოს ეროვნული ბანკი უწევს. საბჭოს დამოუკიდებელი წევრის უფლებამოსილების ვადა 5 წელია და მისი განმეორებით არჩევა შეზღუდული არ არის.

საბჭოს 1 წლის ვადით, როტაციის პრინციპით თავმჯდომარეობენ საქართველოს ფინანსთა მინისტრი, საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრი და საქართველოს ეროვნული ბანკის პრეზიდენტი აღნიშნული თანმიმდევრობით. 2024 წლის ივლისიდან საბჭოს თავმჯდომარეა საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრი.

“დეპოზიტების დაზღვევის სისტემის შესახებ“ საქართველოს კანონის და სააგენტოს დებულების შესაბამისად სამეთვალყურეო საბჭო განიხილავს და ითანხმებს დეპოზიტების დაზღვევის სააგენტოს მიერ შემუშავებულ ყველა მნიშვნელოვან დოკუმენტს, მათ შორის, სააგენტოს საშტატო განრიგს, შესაბამისი წლის ბიუჯეტს, საინვესტიციო პოლიტიკასა და წლიურ საინვესტიციო გეგმას, სტრატეგიას, სააგენტოს ინსტრუქციებს, ანგარიშებს და სხვა. ასევე, სამეთვალყურეო საბჭო უფლებამოსილია თანამდებობაზე დანიშნოს და გაათავისუფლოს სააგენტოს უფროსი.

სამეთვალყურეო საბჭო გადაწყვეტილებას იღებს ხმათა უმრავლესობით.